Türk Denizcilik tarihi, Selçuklu Türklerinin 26 Ağustos 1071 tarihinde Malazgirt Muharebesini kazanıp Anadolu’ya yerleşmelerinden on yıl sonra, 1081 yılında Çaka Bey’in İzmir ve Efes’te kurduğu tersanelerde ilk Türk Donanmasını meydana getirmesiyle başlamıştır. Çaka Bey kumandasındaki bu ilk deniz kuvveti Bizans Donanmasını mağlup ederek, 1089 yılında Midilli, 1090 yılında da Sakız Adası'nı zaptetmiştir.
Türkmen Uç Beylikleri döneminde Türk deniz aktiviteleri yeniden kurulmuştur. Bu beylikler, Ege Denizi'nde bir çok akınlar düzenleyerek, Osmanlı Devleti'nin kurulmasına büyük katkıda bulunmuşlardır. Sultan Yıldırım Bayezid döneminde ise "Kaptan- Deryalık", Saruca Paşa ile ilk olarak başlamış ve resmi olarak Osmanlı İmparatorluğu bünyesinde yer almıştır. Fatih Sultan Mehmet döneminde bu rütbe vezirlere verildiği için Kaptan-ı Deryalık makamının adı "Kaptan Paşalık" olarak değiştirilmiştir. 1867 yılında kurulan Bahriye Nezareti dönemine gelinceye kadar, toplam 161 Kaptan-ı Derya ve Kaptan Paşa hizmette bulunmuştur.
Yirmi beş yıl süren Bahriye Nezareti döneminde ise, Osmanlı Donanması kırk bir Bahriye Nazırı tarafından yönetilmiş, 1897 yılında Donanmayı komuta eden en yüksek askeri makam olan Donanma Komutanlığı teşkil edilerek, bu görev ilk olarak Amiral Hasan RAMİ tarafından deruhte edilmiştir.
Cumhuriyetin İlanı ile birlikte, Deniz Kuvvetleri'nin en üst yönetim birimi olarak Milli Müdafaa Vekaleti'ne bağlı olan Bahriye Dairesi Reisliği bulunmuştur. Bahriye Dairesi Reisliği'nin emrinde İstanbul Bahriye Kumandanlığı, İzmit Bahriye Kumandanlığı, İzmir Bahriye Kumandanlığı ve Amasra Bahriye Kumandanlıkları yer almış; bunlardan görev ve sorumluluk sahası en fazla olan İzmit Bahriye Kumandanlığı, şimdiki Donanma Komutanlığı makamının çekirdeğini teşkil etmiştir. Bunda Lozan Antlaşması'nın İstanbul ve Çanakkale Boğazları'nın silahsızlandırılmasını öngören hükümlerinin etkisi büyük olmuştur.
Bu dönemde, Deniz Kuvvetleri'nin onarım ve lojistik hizmetleri, İzmit Körfezi bölgesinde teşkil edilen Marmara Üssü Bahri ve Müstahkem Kumandanlığına, harekat görevleri ise, İstanbul bölgesindeki Bahriye Kumandanlığına bırakılmıştır. Donanmanın kısa sürede faal hale getirilip, ataletten kurtarılması çabalarının sonuçları kısa bir zaman sonra alınmaya başlanmış ve Hızır Reis ganbotu denize çıkarılarak, Lozan Antlaşması hükümleri gereğince Türkiye Cumhuriyeti’ne iade edilmiş olan Bozcaada ve Gökçeada’yı teslim almak görevi icra edilmiştir.
Bunları takiben, Hamidiye ve Turgutreis gemileri faal hale geçirilerek, Donanma Kumandanlığının emrine verilmiş; Donanma Kumandanlığı karargahı da, şimdiki Kuzey Deniz Saha Komutanlığı binasındaki bölümünden çıkarak, Boğaz'da demirli bulunan Yavuz gemisine taşınmıştır.
Cumhuriyetin ilk yıllarında faal gemi sayısının artması üzerine, Donanma bir varlık olarak kendini belli etmeye başlamış ve yeni kurulan devletin inkılaplarına karşı çıkan bir çok isyanın bastırılmasında, etkili olmuştur.
30 Aralık 1924’te Milli Müdafaa Vekaleti'ne bağlı Bahriye Dairesi Reisliği yerine müstakil bir Bahriye Vekaleti kurulmuştur. 1927 yılında ise Bahriye Vekaleti lağvedilerek, Milli Müdafaa Vekaleti’ne bağlı bir Deniz Müsteşarlığı oluşturulmuştur.
Bu dönem içerisinde Gölcük’teki tesisler genişletilmiş; 1924 yılında temeli atılan Gölcük Deniz Fabrikalarına ilaveten mayın, torpido ve akü fabrikaları da faaliyete geçirilmiştir.
15 Ağustos 1949 tarihinde Deniz Kuvvetleri Komutanlığı teşkil edilmiş ve Donanma Komutanı M.Ali ÜLGEN ilk Deniz Kuvvetleri Komutanı olarak atanmıştır. Donanma Komutanlığına ise, Tümamiral Sadık ALTINCAN getirilmiştir. 1950 senesinde Sadık ALTINCAN’ın Kuvvet Komutanlığına atandırılması ile Tümamiral Rıdvan KORAL Donanma Komutanlığı görevini deruhte etmiştir.
Donanma Komutanlığı Deniz Kuvvetlerinin vurucu gücünü oluşturmaktadır. Donanma Komutanlığı bağlısı olarak;
Harp Filosu ve Kuzey Görev Grup Komutanlığı,
Mayın Filosu Komutanlığı,
Hücumbot Filosu Komutanlığı,
Denizaltı Filosu Komutanlığı,
Lojistik Destek Gemileri Komodorluğu,
Gölcük Tersanesi Komutanlığı,
Gölcük Deniz Üs Komutanlığı,
Deniz Hava Üs Komutanlığı,
Yıldızlar Suüstü Eğitim Merkezi Komutanlığı,
Deniz İkmal Merkezi Komutanlığı,
bulunmaktadır.